bavi se bioinformatikom

Znanstvenica detaljno opisala kako se provodi sekvenciranje; Karlić: Mutacije su normalan slijed u životnom ciklusu virusa

  • Autor: I. Ba.
  • Zadnja izmjena 11.02.2021 10:35
  • Objavljeno 11.02.2021 u 10:35
Rosa Karlić

Rosa Karlić

Izvor: Pixsell / Autor: Boris Scitar/Vecernji list/PIXSELL

Mutacije su normalan slijed u životnom ciklusu virusa, kaže znanstvenica Rosa Karlić koja je sekvencionirala virusa

'Neke mutacije mogu biti pozitivne za virus, neke negativne za nas, a mogu biti i neutralne. Kada govorimo o novim sojevima, smatra se da mijenjaju protein šiljak koji služi za ulaz virusa u stanice i čine ga infektivnijim i dovode do toga da se on lakše prenosi među ljudima', objasnila je hrvatska znanstvenica Rosa Karlić gostujući na N1 televiziji.

Kaže kako postojij više načina na koji se može provoditi sekvencioniranje.

'Tu je sekvenciranje prve generacije, koje se radi već 50 godina i jeftinije je, no njime se može sekvencirati manji dio virusa – manje su protočne.

U našem istraživanju smo radili sekvenciranje druge generacije, koje se provodi u zadnjih 15 godina, gdje možete sekvencirati puno dijelova virusa, i puno kompliciranijih genoma, pa na temelju toga doći do spoznaje koje su mutacije nastale u određenom virusu', pojašnjava. 

Oznaka B117 uvela se u bazi podataka za praćenje različitih sekvenci virusa, kaže znanstvenica.

'Različiti sojevi označeni su drugačije, pa oznaka znači daljnje grananje virusa. Oznake nakon nekog vremena mogu postati jako komplicirane', kazala je.

Ona se bavi bioinformatikom i dio njenog posla je analiza podataka koji dolaze sa sekvenciranja.

'Sa sekvenciranjem nove generacije, dio analize podataka jedan je od uskih grla u dobivanju rezultata. Mi smo preuzeli eksperimentalne podatke koje su napravili na Ruđeru i Centru za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja Ivan Vučetić. Analizirali smo podatke i vidjeli gdje se nalaze mutacije u odnosu na virus koji se javio u Wuhanu', kaže Rosa Karlić.

Zaraznost se mjeri na više načina

'Prvi pristup je praćenje epidemiološke situacije, pa epidemiološkim analizama i statistički se utvrđuje je li neki soj prisutniji u populaciji nego što se nasumično očekivalo. U JAR su brzo došli do toga da su svi sekvencirani uzorci bili od novog soja.

Može se pristupiti i računalnom modeliranju, jer je poznata struktura virusa i spike proteina. Možete mapirati mutacije na strukturu spike proteina i računalnim modeliranjima utvrditi bi li ta promjena strukture dovela do bolje vezivanja spike proteina za receptor. Potom bi se trebalo ići u eksperimentalna ispitivanja, da se u praksi potvrde', rekla je Karlić.

U jednom radu se, dodaje, navodi da je moguće da se taj virus brže širi, no to treba potvrditi eksperimentalno.

Velika je razlika između SARS-a, MERS-a i Covida 19, iako ih sve uzrokuju koronavirusi, ističe znanstvenica.

'SARS i MERS su se širili u ograničenoj populaciji. Od 2012. godine do danas zabilježeno je oko 2500 infekcija MERS-om, no on ima smrtnost od 30 posto. SARS je u tom periodu zabilježen oko 10.000 puta, a Covid-19 sto milijuna u godinu dana, pa je jasno da je imao veće šanse za mutacije. On nastambom u tijelu može napraviti mutaciju.

Važno je pratiti što se događa i sekvencirati što veći dio uzoraka da bi vidjeli kako dolazi do mutacija. Sada se pokušava što više pratiti razvoj situacije i to je ključno za zaustavljanje pandemije', kazala je Rosa Karlić.

Pregled tjedna bez spama i reklama

Prijavi se na naš newsletter i u svoj inbox primaj tjedni pregled najvažnijih vijesti!