Doživotna kazna u Hrvatskoj mu je pretvorena u tridesetogodišnji zatvor jer hrvatski pravni sustav ne poznaje kaznu doživotnog zatvora. Tako je završila dugotrajna trakavica zbog koje su se donosili posebni zakoni, a Hrvatskoj je Europska unija umalo uvela sankcije.

Za Perkovićem je Njemačka raspisala međunarodnu tjeralicu u lipnju 2009. godine. Raspisana je nakon suđenja u Münchenu Krunoslavu Pratesu zbog sudjelovanja u ubojstvu Stjepana Đurekovića, na kojem je osuđen na kaznu doživotnog zatvora.

Glave ga je zapravo stajao ulazak Hrvatske u Europsku uniju. Službeni Zagreb je pristupanjem Europskoj uniji prihvatio i pravila Europskog uhidbenog naloga, prema kojima više nije bilo moguće otezati s izručenjem pod izgovorom državljanstva.

Tadašnji predsjednik Vlade i aktualni predsjednički kandidat Zoran Milanović donio je poseban zakon, takozvani lex Perković, kojemu je smisao bio da se od izručenja drugim zemljama zaštite svi oni koji su počinili zločine prije 2002. godine. Kritičari toga zakona smatrali su da mu je jedina svrha bila zaštititi bivšeg čelnika Udbe od izručenja Njemačkoj. Nakon što je pod pritiskom Europske unije i Njemačke lex Perković izmijenjen, Perković je transferiran u München početkom 2014. godine. Opći je stav da njemačka kancelarka Angela Merkel zbog lex Perkovića nije došla na svečanost proslave ulaska Hrvatske u Europsku uniju prvog dana srpnja 2013. godine.

Oni koji su tada stali na stranu Milanovića smatrali su da svoje špijune ne trebamo izručivati drugim državama. Takva kvalifikacija bila bi točna da je Hrvatska sama riješila ovaj slučaj. Kako nije bilo snage za takvo što, njemačko je pravosuđe odradilo posao koji su trebali obaviti njihovi hrvatski kolege - obračunati se sa zločinima komunističkog sustava.

Kako se uspinjao tajnim službama

Tko je zapravo Josip Perković? U tajne službe ušao je 1970., u vrijeme Jugoslavije, kao dvadesetpetogodišnjak zaposlivši se u ispostavi Službe državne sigurnosti (SDS) u Osijeku. Postupno je napredovao u službi te je 1979. godine prebačen u Zagreb i postao načelnik II. odjela koji se bavio hrvatskom emigracijom.

Na toj je dužnosti bio kad je u Njemačkoj ubijen Đureković. Njemački sud presudio je da je Perković predao počiniteljima ubojstva ključ garaže u kojoj je ubijen Đureković 28. srpnja 1983. godine. Taj ključ je početkom lipnja 1983. u Luksemburgu dobio od svog doušnika Krunoslava Pratesa. 'Pomoću tog ključa najmanje dvojica počinitelja ušla su u garažu koja je korištena kao tiskara, a u kojoj su dočekali i ubili Đurekovića', stoji u obrazloženju presude Perkoviću.

'Glavni motiv bio je ubiti separatista i kritičara režima. Okrivljeni su znali za to. Đurekovića je trebalo ušutkati i fizički i politički. I time obrazlažemo ovo ubojstvo iz niskih pobuda. Da se radilo o ubojstvu terorista, takve kvalifikacije ne bi bilo', rekao je predsjednik sudskog vijeća Manfred Dauster prilikom izricanja presude. Perkovićev šef u to vrijeme bio je Zdravko Mustač, koji je s njim i osuđen za ubojstvo Đurekovića, a koji mu je prema presudi dao nalog da ga se likvidira.

Perković je nastavio napredovati u službi te je 1986. godine postao pomoćnikom sekretara unutarnjih poslova Socijalističke Republike Hrvatske, odnosno šefom hrvatskog ogranka Službe državne sigurnosti unutar Jugoslavije. Kolokvijalno se piše da je Perković bio šef Udbe, a ta kratica je najčešće rabljen naziv za Upravu državne bezbednosti, jugoslavensku tajnu policiju, ali nije precizan.

Šušak molio Manolića da ga zaposli

Nakon pobjede HDZ-a na prvim višestranačkim izborima u travnju 1990. Perković ostaje u sustavu postavši podsekretar za državnu sigurnost. Često ga se neformalno titulira kao tvorca hrvatskih tajnih službi, odnosno osobom koja je dio hrvatskih kadrova iz jugoslavenskih tajnih službi prebacila u obavještajni sustav novoformirane hrvatske države.

Naravno, ništa od toga ne bi bilo moguće da nije bilo proklamirane politike prvog hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana, kojom se zalagao za svehrvatsku pomirbu između ustaša i partizana. Zbog takve politike Hrvatska nikad nije provela lustraciju, tako da su mnogi pripadnici starog nedemokratskog sustava nesmetano nastavili djelovati i u institucijama hrvatske države.

Zbog toga je bilo moguće da Perković bude suradnik dugogodišnjem ministru obrane Gojku Šušku, povratniku iz Kanade i predstavniku hrvatske emigracije koja se godinama nalazila na udaru jugoslavenskih tajnih službi i vjerojatno najmoćnijem čovjeku, poslije Tuđmana, u vrijeme stvaranja hrvatske države.

Godine 1991., kada je predsjednik Vlade bio Josip Manolić, također bivši Udbin kadar, a ministar obrane Martin Špegelj, imenovan je pomoćnikom ministra obrane. Njegov prelazak na tu dužnost zatražio je osobno Gojko Šušak. Zadatak mu je bio formirati obavještajnu službu Ministarstva obrane. Ta je služba kasnije bila poznata pod skraćenicom SIS, Sigurnosno-informativna služba Ministarstva obrane.

Govoreći o Perkoviću, Šušak je kazao kako je, kad se odlučio vratiti u domovinu i prihvatiti program vladajuće stranke, prihvatio i njezinu ideju o pomirenju svih struktura u hrvatskom biću.

'No kad ste već spomenuli Perkovića, osobno sam molio Josipa Manolića da ga zaposli na nekom mjestu na kojem nije toliko izložen ljudima koji su stizali iz emigracije i inozemstva. U to vrijeme bio sam ministar iseljeništva i ti ljudi najprije su dolazili meni s istim pitanjem: kako to da moraju ići istom čovjeku kojem su se i prije morali prijavljivati. Perković je premješten i dobio je zadatak da formira obavještajnu službu Ministarstva obrane. Po meni, on je profesionalac, i to je sasvim dovoljno', rekao je Šušak u intervjuu za Globus 1992. godine.

Perković se hvalio time da je 1991. godine organizirao uvoz oružja u Hrvatsku, koja je tada bila pod sankcijama i nije mogla legalno nabavljati oružje. No 1992. godine na HRT-u je prikazan dokumentarac o ubojstvu poznatog emigranta Brune Bušića, s kojime se povezalo i Josipa Perkovića. Ubrzo nakon toga je smijenjen.

Šušak ga je 1996. godine vratio u sustav imenovavši ga za svog savjetnika u Ministarstvu obrane, a potom je još radio u Hrvatskoj izvještajnoj agenciji (HIS) i kao predavač na Obavještajnoj akademiji. Spominje se i kao autor popisa kojim je djelomično rekonstruirana mreža suradnika Udbe. Dijelovi toga popisa kasnije su se pojavili u medijima. Od odlaska u mirovinu krajem devedesetih rijetko se pojavljivao u javnosti.

Njegov sin Saša Perković također je radio u obavještajnom sektoru. Od 1994. godine bio je djelatnik Sedme uprave Ministarstva vanjskih poslova, a kasnije je radio i u HIS-u. Bio je savjetnik za sigurnost dvojice predsjednika, Stjepana Mesića i Ive Josipovića. Nakon odlaska s Pantovčaka uplovio je u poslovne vode, a između ostaloga, kako je pisao tportal, pokrenuo je posao s očevim odvjetnikom Antom Nobilom.