Početkom jeseni 1991. godine Hrvatska se nalazila u izrazito nepovoljnom vojnom položaju. JNA je raspolagala teškim naoružanjem, oklopnim postrojbama, topništvom, ratnim zrakoplovstvom i ratnom mornaricom. Nasuprot tome, hrvatske su snage još uvijek bile u procesu ustrojavanja i većinom su imale lako pješačko naoružanje. Šibensko područje bilo je osobito osjetljivo zbog svojega geografskog položaja. Grad je povezan s unutrašnjošću Hrvatske preko prometnica koje vode prema Drnišu, a Jadranska magistrala predstavljala je ključnu komunikacijsku poveznicu prema Zadru i Splitu. Šibenski most, koji premošćuje ušće Krke, imao je pritom iznimnu stratešku važnost.

Upravo su zato napadačke snage pokušale istodobno djelovati iz više pravaca kako bi se hrvatske snage dovele u situaciju da istodobno brane grad, most i zaleđe. Prema dostupnim podacima, uoči glavnog napada 113. šibenska brigada držala je vrlo dugu crtu obrane, dugu više od 120 kilometara. Ta je brigada bila jedna od ključnih hrvatskih postrojbi na šibenskom području, ali u početnoj fazi rata nije raspolagala teškim naoružanjem kakvo je imala JNA. U poslijepodnevnim satima 16. rujna 1991. počeo je glavni napad JNA na Šibenik. U 17.57 sati oglašena je zračna opasnost za grad, a ubrzo potom i za šire područje tadašnje općine Šibenik. Oklopne i pješačke snage JNA krenule su prema gradu te su napadi istodobno izvođeni iz zraka i s mora.

Jedna od najopasnijih situacija nastala je kada su oklopne snage JNA izbile na Šibenski most. Tenkovi su se približili gradu i otvorili mogućnost daljnjeg prodora prema urbanom području, no na mostu su ih dočekale malobrojne hrvatske snage sastavljene od pripadnika policije i 113. brigade. U tim se satima pokazala temeljna značajka obrane Šibenika. Hrvatske snage, naime, nisu mogle računati na klasičnu nadmoć u ljudstvu i tehnici, već su se morale oslanjati na poznavanje terena, pokretljivost, improvizaciju i postupno stvaranje vatrene nadmoći. Obrana je bila otežana činjenicom da su se u samom Šibeniku nalazili objekti JNA, stoga hrvatska strana nije branila samo prilaze gradu jer je istodobno pokušavala neutralizirati vojarne i druge vojne objekte iz kojih je protivnik mogao djelovati prema hrvatskim položajima i civilnom stanovništvu.

Bitnica na Žirju

Jedan od ključnih elemenata obrane bio je položaj na otoku Žirju. Hrvatski branitelji su prije početka glavnog napada uspjeli staviti pod svoj nadzor tamošnju topničku bitnicu, čime su dobili sposobnost djelovanja protiv ciljeva na širem šibenskom području, osobito protiv brodova Jugoslavenske ratne mornarice (JRM) koji su se zbog hrvatskog topništva morali povući s položaja s kojih su mogli izravno ugrožavati grad.

Prema ocjenama povjesničara i analitičara, značenje Žirja nije samo u njegovoj neposrednoj vojnoj funkciji jer je preuzimanje topničkih položaja pokazalo koliko je za hrvatske snage bilo važno osvajanje vojnih objekata i zaplijenjenog naoružanja. U uvjetima embarga na uvoz oružja i nedostatka teške tehnike svako zauzeto skladište, topnička bitnica ili vojarna predstavljali su potencijalni izvor sredstava za nastavak obrane. Sličnu su funkciju imale akcije zauzimanja vojarni Zečevo, Kruščica i Smokvica, a njihovo osvajanje tijekom Rujanskog rata omogućilo je hrvatskim snagama dolazak do znatnih količina topničkog i drugog naoružanja.

Dok su se hrvatske snage borile na Šibenskom mostu, istodobno se razvijala bitka u šibenskom zaleđu. Drugi pravac napada vodio je preko Drniša prema Pakovu Selu i dalje prema Šibeniku. Upravo će Pakovo Selo postati jedno od ključnih mjesta Rujanskog rata. Hrvatski branitelji ondje su 20. rujna zaustavili oklopnu kolonu JNA te je u borbama dio oklopa uništen ili oštećen, a određeni broj pripadnika JNA zarobljen. Time je zaustavljen pokušaj da se snage koje su napredovale iz smjera Drniša spoje s onima koje su već izbile na Šibenski most.

Vojno gledano, taj je događaj bio presudan jer se napad na Šibenik temeljio na mogućnosti istodobnog pritiska iz više smjerova. Zaustavljanjem kolone kod Pakova Sela hrvatske su snage spriječile stvaranje jedinstvenog napadnog fronta koji bi mogao ugroziti obranu grada, a time se postupno mijenjala i psihološka situacija. Prvotni šok izazvan prodorom tenkova prema Šibenskom mostu počeo je ustupati mjesto organiziranijoj obrani te je hrvatska strana sve uspješnije koristila svoje protutenkovske i topničke kapacitete dok su napadačke snage postupno gubile početnu inicijativu.

Nezamjenjivi građani Šibenika

Jedan od najpoznatijih trenutaka Rujanskog rata dogodio se iznad šibenskog područja 21. rujna 1991. godine, kada su hrvatski branitelji uspjeli pogoditi dva zrakoplova JNA. Događaj je zabilježen kamerom, a uzvik Filipa Gaćine, 'Obadva, obadva, oba su pala', postao je jedan od najprepoznatljivijih simbola hrvatskog otpora 1991. godine. I taj je događaj imao velik psihološki učinak. U trenutku u kojem je Šibenik bio pod snažnim topničkim, zračnim i pomorskim napadima snimka uspjeha hrvatske protuzračne obrane predstavljala je velik simbol činjenice da tehnička nadmoć JNA nije značila i njezinu nepobjedivost.

Rujanski rat nije bio samo vojna operacija. Grad Šibenik tih dana bio je izložen topničkim i zračnim napadima, a ugroženi su bili stambeni, javni i kulturni objekti. Ostavilo je to posljedice na gradsku infrastrukturu dok je stanovništvo velik dio vremena provodilo u skloništima. Posebno je simboličan bio strah za povijesnu jezgru i katedralu svetog Jakova, jedan od najvažnijih kulturnih spomenika Šibenika. Uloga građana i okolnog stanovništva bila je stoga važna sastavnica obrane grada jer su civilne strukture morale osiguravati funkcioniranje bolnice, opskrbe, komunikacija i života u uvjetima gotovo svakodnevne opće opasnosti. Obrana Šibenika bila je, u tom smislu, spoj vojne i civilne mobilizacije.

Do 21. i 22. rujna odnos snaga postupno se mijenjao. Hrvatska strana uspjela je konsolidirati obranu na ključnim položajima, zaustaviti prodore u zaleđu te povećati svoju vatrenu moć zahvaljujući osvojenom naoružanju. Dana 22. rujna hrvatske su snage pokrenule protunapad na području Šibenskog mosta. Pripadnici 113. brigade i policijskih postrojbi odbacili su JNA prema Gaćelezima, čime je ponovno uspostavljena kontrola nad mostom i otvorena Jadranska magistrala. Oslobađanje mosta predstavljalo je vojni i simbolički vrhunac bitke. Nakon što su napadačke snage izgubile mogućnost sigurnog prodora prema gradu i nakon što je propao pokušaj povezivanja različitih napadnih pravaca, strateški cilj zauzimanja Šibenika više nije bio ostvariv.

Vojno značenje obrane Šibenika bilo je višestruko. Prije svega, spriječen je pokušaj da se zauzimanjem grada i njegova prometnog područja prekine komunikacija između sjeverne i južne Dalmacije. Šibenik je ostao pod hrvatskim nadzorom, a Jadranska magistrala ponovno je otvorena. Druga važna posljedica bila je zapljena velike količine vojne opreme jer su zauzimanjem vojnih objekata hrvatske snage došle do topništva, streljiva, protuzračnih i protutenkovskih sredstava, čime je 113. brigada u kratkom vremenu znatno povećala svoje borbene sposobnosti.

Temelji Hrvatske ratne mornarice

Osobito značenje imalo je preuzimanje brodova u šibenskoj luci i Remontnom zavodu. Dio ratnih brodova koji je do tada pripadao JRM-u stavljen je pod hrvatsku kontrolu, čime su stvoreni materijalni temelji za razvoj Hrvatske ratne mornarice, a ona će sljedećih godina imati važnu ulogu u obrani hrvatskog Jadrana. Rujanski rat stoga nije završio samo teritorijalnim očuvanjem Šibenika, već je hrvatskim snagama donio i značajnu količinu zarobljenog naoružanja, iskustvo organiziranja obrane te samopouzdanje potrebno za nastavak rata.

Promatrana iz šire perspektive Domovinskog rata, osmodnevna bitka za Šibenik bila je jedna od prvih velikih obrambenih pobjeda hrvatskih snaga. Njezino značenje proizlazilo je iz činjenice da je hrvatska strana, unatoč velikoj početnoj inferiornosti u količini naoružanja, uspjela zaustaviti oklopni prodor JNA, zadržati ključne komunikacije i postupno prijeći iz obrane u protunapad.

Pritom je važno izbjeći pojednostavljenu interpretaciju prema kojoj je pobjeda bila rezultat samo jednog događaja ili jedne postrojbe. Obrana Šibenika bila je rezultat djelovanja niza čimbenika, ponajviše otpora 113. brigade, policijskih postrojbi, pripadnika 4. gardijske brigade, lokalnih dragovoljaca, topničkih bitnica, pomorskih snaga te civilnih struktura grada i okolice. Jednako je važno razumjeti to da se Rujanski rat nije vodio izolirano od drugih bojišta. Istodobno su se vodile borbe na širem dalmatinskom prostoru, a razvoj situacije oko Šibenika bio je povezan s događajima u Zadru, Drnišu, Sinju i drugim područjima. Zbog toga obranu Šibenika treba promatrati kao dio šire operativne slike rata za Dalmaciju, u potpunosti oslobođenu manje od četiri godine kasnije.