Posebni sud u Beogradu u travnju je nepravomoćno oslobodio Sretena Jocića zvanog Joca Amsterdam optužbi za organizaciju Pukanićeva ubojstva premda je hrvatski Vrhovni sud godinu ranije potvrdio da je njegov kum Slobodan Đurović bio veza između atentatora i Jocića koji je za ubojstvo navodno platio 1,5 milijuna eura.

Pravomoćnom hrvatskom presudom Đuroviću je u veljači 2013. kazna smanjena s 25 na 23 godine zatvora, dok je vođi skupine atentatora Robertu Mataniću potvrđena presuda od 35 godina.

Neposrednom izvršitelju Željku Milovanoviću hrvatski Vrhovni sud je zbog aktiviranja eksplozivne naprave potvrdio 40-godišnju zatvorsku kaznu. Na jednak boravak iza rešetaka ga je ovoga travnja nepravomoćno osudio i beogradski sud koji je pomagača Milenka Kuzmanovića osudio na pet godina.

Osim Đurovića, Matanića i Milovanovića hrvatski je sud pravomoćno na 33 godine zatvora osudio i Bojana Gudurića optuženog da je Pukanića trebao ubiti hicem iz snajperske puške ako eksploziv zataji. Luki Mataniću i Amiru Mafalaniju 16-godišnje kazne pravomoćne su od srpnja 2012. kada je Vrhovni sud za ukupno 15 godina povisio prvostupanjske presude Đuroviću, Guduriću i Robertu Mataniću.

Nedugo nakon ubojstva koje je potreslo Hrvatsku i napunilo stupce mnogih svjetskih medija pokrenuta je policijska akcija 'Balkan ekspres' u kojoj su uhićeni bratići Robert i Luka Matanić, Mafalani i Đurović. Milovanović je krajem 2009. uhićen u Beogradu, a Gudurić se predao u Banja Luci početkom veljače 2010. uoči početka zagrebačkog suđenja te je izručen Hrvatskoj.

Iako je Uskok uhićene teretio za udruživanje u zločinačku organizaciju, opisujući Pukanićevo ubojstvo kao najnasilniji čin u povijesti Hrvatske i zločin protiv novinarske riječi i demokracije, to tijekom suđenja, po mišljenju zagrebačkog suda, nije dokazano. Također, sud nije prihvatio ni Uskokovu tvrdnju da je Pukanić likvidiran kako bi ga se spriječilo da piše o poslovima kriminalnih skupina povezanih s duhanskom mafijom.

U obrazloženju prvostupanjske presude stajalo je da je Pukanić bio poznati novinar koji je pisao o mnogim kriminalnim skupinama. 'Imao je puno prijatelja, ali i neprijatelja. Moguće je da je razlog ubojstva sadržaj članaka, ali nije utvrđeno točno kojih', istaknuto je u obrazloženju.