Za ministarstvo je posebno neprihvatljivo, jer je AI u svom izvješću, kako kažu, proizvoljno i neistinito utvrdio da je nakon osamostaljenja Hrvatske uslijedio oružani sukob između hrvatske vojske i oružanih snaga hrvatskih Srba kojima je

pomagala JNA. U očitovanju stoji da je potpuno 'nevjerojatna', 'proizvoljna' i 'neistinita' tvrdnja AI da je Hrvatska proglašavanjem neovisnosti prouzročila oružani sukob i da su tijekom sukoba od 1990. do 1995. obje strane počinile znatna i ozbiljna kršenja ljudskih prava. U ministarstvu drže da je to potpuno izjednačavanje odgovornosti.

U očitovanju se, među ostalim, kaže da su proizvoljne i neosnovane tvrdnje AI-a o navodnoj zapovjednoj odgovornosti potpredsjednika Hrvatskog sabora Vladimira Šeksa za zločine u Osijeku 1991. godine.

U ministarstvu kažu da su istražitelji AI analizom spisa o kaznenom postupku protiv Branimira Glavaša izveli pogrešan zaključak da je trebala biti provedena istraga o javno izrečenim optužbama protiv Šeksa jer je, kažu u ministarstvu, iz spisa vidljivo da takve optužbe na njegov račun nikada nitko nije izrekao. Tvrde i da je AI zanemario presudu Vrhovnog suda u kojoj se navodi da Šeks 'nije nužno morao imati saznanja o inkriminiranoj djelatnosti zaštite čete, jer se sve odvijalo u strogoj tajnosti' te da je taj sud njegovo svjedočenje ocijenio vjerodostojnim.

Ministarstvo je potvrdilo da se protiv Davora Domazeta Loše provode izvidi, bez obzira na to što je, kako kažu, Haag ustupivši predmet na jednom od sastanaka kazao kako za njega nije bilo dovoljno dokaza za podizanje optužnice.

Zabrinutost AI da Državno odvjetništvo RH nije otvorilo istragu za zločine u Medačkom džepu, iz ministarstva opovrgavaju tvrdnjom da zagrebačka policija u suradnji s državnim odvjetništvom provodi kriminalističko istraživanje.

Navodi se da se istražuju i ratni zločini u Sisku te da na tom predmetu radi poseban tim.

U izvješću AI-a Hrvatskoj se zamjera i neprocesuiranje Tomislava Merčepa protiv kojega je u međuvremenu, ističu u ministarstvu, pokrenuta istraga i određen pritvor, što je AI naknadno i pozdravio. U očitovanju se otkriva da je istraga Merčepovog djelovanja tijekom rata imala kodni naziv 'Atlantis'.

Ministarstvo opovrgava i tvrdnju da hrvatsko kazneno zakonodavstvo ne poznaje institute zapovjedne odgovornosti, zbog čega vojne i civilne vođe nisu kažnjene za zločine podređenih. Kao primjer navodi se presuda u slučaju Ademi-Norac u kojemu je Mirko Norac osuđen upravo po zapovjednoj odgovornosti zbog nečinjenja.

U očitovanju ministarstva izražava se žaljenje što AI svoje izvješće nije sastavio u suradnji s mjerodavnim institucijama u Hrvatskoj te spremnost na suradnju s tom nevladinom organizacijom. Podsjeća se i da je Organizacija za europsku sigurnost i suradnju (OESS) prepoznala pozitivne trendove u području procesuiranja ratnih zločina te iznijela zaključke potpuno suprotne od AI, da se vođenje postupaka u Hrvatskoj u bitnome ne razlikuje od načina na koji se vode u ostalim demokratskim zemljama te da se standardi suđenja i sudski postupci provode transparentno.

Na navode AI o etničkoj pristranosti u postupcima koji se vode u odsutnosti u ministarstvu se ponovno pozivaju na OESS koji je u izvješću 2010. naveo upravo suprotni zaključak da u postupcima za ratne zločine nije prisutna etnička pristranost. 'Nerazumljivo je da AI, iako koristi međunarodne izvore, u svom Izvješću ne koristi najmjerodavnije dokumente, a to su Izvještaji OESS-a', stoji u očitovanju.

Ministarstvo je odbacilo i kritike AI na hrvatski zakonodavni okvir te opovrgnulo da Hrvatska nije uspjela razviti primjeren sustav za podršku svjedocima.

Opširno očitovanje Ministarstvo pravosuđa završava zaključkom kako se procesuiranje ratnih zločina ne može promatrati izolirano bez sagledavanja cjelokupne slike, to jest 'svega što se događa u širem regionalnom kontekstu' te da je Hrvatska, 'unatoč iskrenoj želji da sve počinitelje ratnih zločina privede pravdi', ograničena činjenicom da se mnogi počinitelji skrivaju u susjednim državama.