U optužnici koja je u ponedjeljak otpečaćena u okružnom sudu države Massachesuettsa Carnajev je po jednoj točci optužen za uporabu i zavjeru za korištenje oružja za masovno uništavanje, određenije improvizirane eksplozivne naprave, protiv osoba i imovine u Sjedinjenim Državama koja je dovela do smrti a po jednoj točci za uništavanje imovine eksplozivnom napravom koje je dovelo do smrti. Za te optužbe Carnejev može biti osuđen na smrtnu kaznu, doživotni zatvor ili bilo koji broj godina zatvora, priopćilo je američko ministarstvo pravosuđa.

'Iako naša istraga još traje današnje optužbe su uspješan kraj tragičnog tjedna za grad Boston i našu zemlju', izjavio je državni tužitelj Eric Holder. Ranije u ponedjeljak je Gary Wente, dužnosnik saveznog suda, rekao da je protiv Carnejeva 'podignuta zapečaćena optužnica', te da je da je prigodom uručenja optužnice Carnajevu u bostonskoj bolnici Beth Israel Deaconess bio nazočan i savezni sudac. Zdravstveno stanje Džohara Carnajeva ocijenjeno je kao 'ozbiljno'.
Glasnogovornik Bijele kuće Jay Carney u ponedjeljek je rekao da se Džohar Carnajev u sudskom postupku neće smatrati neprijateljskim borcem. 'Prema njemu se neće postupati kao prema neprijateljskom borcu', rekao je Carney novinarima. 'Mi ćemo tom teroristu suditi kroz civilni pravosudni sustav. Po zakonu SAD-a, državljanima Sjeidinjenih Država ne mogu suditi vojna povjerenstva'.

Džohar Carnajev, student porijeklom iz Čečenije je osumnjičen da je sa svojim 26-godišnjim bratom Tamerlanom izveo bombaške napade u Bostonu 15. travnja. Ne može govoriti jer je ranjen u vrat u okršaju s policijom. Policija nije željela komentirati izvješća medija da Džohar s vlastima komunicira pisanjem. Ravnatelj bostonske policije Ed Davis za televiziju CNN je rekao neće osporiti medijska izvješća da Džohar Carnajev komunicira pišući no napomenuo je da on 'nema određenije informacije o tome'.