Mediji u BiH javljaju kako je Josipović nakon izlaska iz zatvora živio povučeno, a u zadnjih nekoliko godina je imao problema sa zdravljem. Haški sud (ICTY) ga je 14. siječnja 2000. godine osudio na 15 godina zatvora zbog zapovjedne odgovornosti za zločine u Ahmićima, a 2001. mu je Žalbeno vijeće istoga suda smanjilo kaznu na 12 godina. Nakon pravomoćne presude 12. travnja 2002. prebačen je u Španjolsku na izdržavanje kazne, a 9. veljače 2009. prijevremeno je pušten na slobodu.

ICTY je presudio kako je masakr u Ahmićima predstavljao zločin protiv čovječnosti. Riječ je o jednom od najtežih ratnih zločina koji je počinjen tijekom rata u Bosni i Hercegovini, i po mnogima vjerovatno najgorem koje su počinile snage HVO-a. Kako stoji u presudi ICTY-a, u rano jutro 16. travnja 1993. godine, u napadu specijalne postrojbe “Jockeri” Hrvatskog vijeća obrane (HVO), ubijeno je 116 bošnjačkih stanovnika Ahmića, naselja u blizini Viteza u središnjoj Bosni, od čega su 33 bili žene i djeca.