Atentat je izveden 23. listopada 2008. u večernjim satima aktiviranjem eksplozivne naprave skrivene u skuteru koja je Pukanića raznijela na parkiralištu u središtu Zagreba. Kao kolateralna žrtva poginuo je njegov suradnik Niko Franjić, a ozlijeđene su i dvije osobe te je oštećeno više vozila i zgrada.

Taj je zločin uznemirio građane, a dogodio se manje od tri tjedna nakon što je u Zagrebu ubijena 26-godišnja Ivana Hodak, kći bivše ministrice Ljerke Mintas Hodak i zagrebačkog odvjetnika Zvonimira Hodaka.

Za ubojstvo osnivača tjednika "Nacional" Pukanića i njegova suradnika Franjića šestorica optuženika pravomoćno su osuđena u Zagrebu na 163 godine zatvora.

Slobodanu Đuroviću, osuđenom da je bio veza između atentatora i naručitelja Sretena Jocića, poznatog kao Joca Amsterdam, koji je za ubojstvo navodno platio 1,5 milijuna eura, Vrhovni sud je u veljači 2013. smanjio kaznu s 25 na 23 godine zatvora.

Organizatoru skupine Robertu Mataniću potvrđena je presuda od 35 godina zatvora, a neposrednom izvršitelju Željku Milovanoviću 40-godišnja zatvorska kazna zbog aktiviranja eksplozivne naprave.

Bojanu Guduriću, osuđenom da je Pukanića trebao ubiti hicem iz snajperske puške ako eksploziv zataji, potvrđena je kazna od 33 godine zatvora.

Luki Mataniću i Amiru Mafalaniju 16-godišnje kazne pravomoćne su od srpnja 2012. kada je Vrhovni sud za ukupno 15 godina povisio prvostupanjske kazne Đuroviću, Guduriću i Robertu Mataniću.

Nedugo nakon ubojstva, o kojem su izvijestili mnogi svjetski mediji, pokrenuta je policijska akcija "Balkan ekspres" u kojoj su uhićeni bratići Robert i Luka Matanić, Amir Mafalani i Slobodan Đurović. Milovanović je uhićen u Beogradu krajem 2009., a Bojan Gudurić se predao u Banja Luci početkom veljače 2010. uoči početka zagrebačkog suđenja te je potom izručen Hrvatskoj.

Nakon jednogodišnje istrage, 26. listopada 2009. USKOK je podigao optužnicu u kojoj je Roberta i Luku Matanića, Mafalanija, Milovanovića, Gudurića i Đurovića, osim za ubojstva iz koristoljublja teretio i za teško kazneno djelo protiv opće sigurnosti i udruživanje u zločinačku organizaciju.

U završnom govoru zamjenik ravnatelja USKOK-a Slobodan Šašić zatražio je najveću zakonsku kaznu od 40 godina zatvora za optužene atentatore na Pukanića, ustvrdivši da je to bio najnasilniji čin u povijesti Hrvatske i zločin protiv novinarske riječi i demokracije.

Na suđenju u Zagrebu nije dokazano postojanje zločinačke organizacije niti su otkriveni krajnji naručitelj i motiv zločina koji je potresao Hrvatsku. Za Pukanićevo ubojstvo suđenje se vodi i u Beogradu gdje su na optuženičkoj klupi Sreten Jocić, Željko Milovanović i Milenko Kuzmanović.