Sud Bosne i Hercegovine potvrdio je u prosincu 2021. godine optužnicu Tužiteljstva BiH koja Cikotića tereti za zlouporabu položaja i ovlasti, a prema kojoj je u razdoblju od 2009. do 2011. godine, dok je obnašao dužnost državnog ministra obrane, oštetio proračun BiH u iznosu od oko 9,7 milijuna KM (4,96 milijuna eura), javlja Faktor.ba.

Tužiteljstvo je Cikotića teretilo da je kao državni ministar u razdoblju od 2009. do 2011. zlorabio službeni položaj tako što je, na štetu ministarstva kojemu je bio na čelu, nezakonito pogodovao kupcu prilikom plana izvoza i prodaje viškova zastarjelog naoružanja, streljiva i vojne opreme.

Prema optužnici, Cikotić je nezakonito i mimo propisanih zakonskih procedura izvršio izmjene ugovora, a da o tome nije obavijestio svoje zamjenike, kao ni Predsjedništvo BiH, nakon čega je tvrtka Scout d.o.o. Zagreb, umjesto zastarjelog oružja i streljiva, koje je bilo predviđeno za otpis i prodaju radi smanjenja troškova skladištenja i održavanja, dobila streljivo veće kvalitete i potražnje na tržištu.

Prema navodima optužnice, Cikotić je, kao službena osoba u izvršnoj vlasti u BiH, svojim radnjama oštetio proračun BiH i drugome pribavio imovinsku korist u većem iznosu, čime je počinio produljeno kazneno djelo zlouporabe položaja ili ovlasti.

Dužnost ministra obrane, kao i ministra sigurnosti, Cikotić je obnašao kao kadar Stranke demokratske akcije (SDA).

Umirovljeni je general Armije BiH, a hrvatske udruge koje okupljaju obitelji nestalih i zatočenih civila i pripadnika HVO-a smatraju ga odgovornim za ratne zločine što ih je Armija BiH počinila na području Bugojna.

Cikotić za to nikada nije optužen.