Mouscron se u prvoj belgijskoj ligi natječe od 1996, ali u posljednjih četiri, pet godina imao je velikih financijskih problema.

Kako je prenio belgijski radio RTBF, klub je odlučio odgoditi svoju treću uzastopnu utakmicu u prvenstvu, zbog čega čelnicima lige nije preostalo ništa drugo nego da ga isključe iz preostalog dijela natjecanja. Posljednje dvije utakmice izgubili su sa 5:0 za zelenim stolom. Unatoč problemima i financijskom kolapsu, klub se držao na dobrom 10. mjestu od 16 klubova, no zbog već spomenutih problema nogometaši nisu željeli igrati i riskirati ozljede koje bi im eventualno upropastile transfer. U međuvremenu Manchester City je ponudio tri milijuna funti kako bi pomogao klubu da preživi i eventualno ga pretvorio u svoju bazu.

Za 13 godina natjecanja u prvoj ligi Mouscron ima naslov doprvaka u sezoni 1993/94, a igrao je i u dva finala kupa, 2002. i 2006. godine. Od hrvatskih nogometaša trenutno se u Mouscronu nalazi bivši Hajdukov igrač Zvonimir Deranja.