Pupovac je ocijenio da je dobro to što je predsjednik Srbije Tomislav Nikolić sudjelovao na svečanosti u Zagrebu povodom ulaska Hrvatske u EU i da je dobro to što će se skoro sresti s predsjednikom Ivom Josipovićem. 'To je od velike važnosti za odnose dviju zemalja, ali i za europsku budućnost cijele regije, prije svega i za otklanjanje naslijeđa prošlosti, jer dvojica aktualnih predsjednika to ne samo trebaju učiniti, nego i mogu', rekao je Pupovac u intervjuu Novostima.

Naglasio je Pupovac da su prioritetne teme koje Srbija i Hrvatska trebaju riješiti pitanje nestalih osoba, Hrvata i Srba, povratak izbjeglica i njihovih prava, granice, suđenje za ratne zločine i tužbe za genocid. To je i nastavak regionalne suradnje, ali i nastavak procesa širenja EU-a na ostatak zapadnog Balkana ili jugoistoka Europe. 'Od Hrvatske i Srbije se očekuje doprinos i stabilizaciji prilika u BiH. Zbog svega hrvatska i srpska politika stoje pred ozbiljnim povijesnim poslom', smatra on. Pupovac je rekao da jačanje antisrpske kampanje i antisrpskih stavova pokazuje da postoje snage koje, nakon pristupanja Hrvatske EU, kažu – 'mi možemo po svom'. 'To je ozbiljan problem koji je zasad samo naš, ali bi brzo mogao postati i europski problem', smatra Pupovac.

Na primjedbu da se iz političkih krugova čuju opravdanja da takve pojave postoje i u drugim europskim državama, Pupovac je odgovorio da je Hrvatska specifična zemlja kada je posrijedi srpsko pitanje. 'Odustajanje od politike tolerancije prema manjinama, obnavljanje animoziteta, ratnih retorika, zahtjeva za poništenje stečenih prava... ozbiljno narušavaju procese u regiji', rekao je on. U trenutku kada Srbija treba primijeniti sporazum iz Bruxellesa, a Srbi na Kosovu moraju primijeniti novu realnost za svoj život, u Hrvatskoj neke grupacije kažu – 'mi smo došli u Europsku uniju i možemo po starom', dodao je Pupovac. On smatra da je to narušavanje povjerenja i kredibiliteta onih koji su pomogli da se situacija u Hrvatskoj normalizira, a to su EU, SAD i druge zemlje u svijetu.