Najnoviji navodi Scijentološke crkve vjerojatno su dosad najčudniji. Crkva, navodno, vjeruje da 50-godišnji glumac ima telekinetičke i telepatske moći. Tom je najpoznatiji sljedbenik te religije, a časopis Rolling Stone još je 2006. otkrioda je glumac dosegao naprednu razinu scijentologije i postao poznat kao 'Operatin Thetan' ili 'OT'

Autorica članka Janet Reitman objasnila je kako se vjeruje da osoba koja je postala 'OT' ima potpunu kontrolu nad sobom i svojom okolinom. 'OT navodno može pokretati nežive predmete svojim umom, napuštati svoje tijelo, telepatski komunicirati te kontrolirati ponašanje životinja i ljudskih bića.'

Tom, koji je na naprednoj fazi OT VII, prakticira vjeru već 30 godina i zbog toga je navodno postigao stanje prosvjetljenja nakon putovanja koje scijentolozi zovu mostom prema potpunoj slobodi. 'Na najvišim razinama oni su navodno oslobođeni fizičkog do točke u kojoj se psihički može kontrolirati ono što scijentolozi nazivaju MONT (MEST): materija, energija, prostor i vrijeme', kaže Reitman.

Nancy Meny, koji je radila sa slavnim osobama u scijentološkoj Sea Organisation, rekla je za Radar Online da je Tom pripremljen ušao u tu crkvu. 'Sve je bilo orkestrirano i pripremljeno. Tom je imao disleksiju pa su ga pripremali na individualnim satovima.'

Samo nekoliko sati nakon sporazumnog razvoda, Tom se jučer pojavio na snimanju svog SF filma 'Oblivion'. Od svog doma na Beverly Hillsu do seta vozio se u milijun dolara vrijednom luksuznom autobusu Screen Bus koji su mu poklonili poglavari te crkve. Prema dopisu iz 2005, koji je objavio ugledni prebjeg iz crkve, Marty Rathbun, Cruise je zatražio da njegov trener ima posebnu ladicu s papučama tako da nitko ne hoda autobusom prljavih cipela te da u vozilo ne može ući nitko osim njegovih osobnih asistenata, piše Daily Mail.