Druženje s Davidom Miscavigeom, vođom Scijentološke crkve, Toma Cruisea je uplelo u istragu koju FBI vodi protiv te crkve zbog trgovine ljudima i neplaćanja rada
David Miscavige, koji je bio Cruiseov kum na vjenčanju, pod istragom je jer je navodno godinama tjerao radnike da za 50 dolara tjedno rade teške i nimalo ugodne poslove uređenja zgrada, popravljanja motora i jahti za glumca i cijelu crkvu. Da priča ima temelja, potvrdio je bivši član te crkve, Bruce Hines, koji je rekao da je radio te poslove punih šest godina.
Dok su radnici živjeli na crkavici, Miscavige je uživao u nevjerojatnoj raskoši, posjedujući, između ostaloga, skupocjene automobile i motocikle, što mu kao vođi crkve, neprofitabilne organizacije, brane američki zakoni.
O zbivanjima u toj crkvi progovorio je za The New Yorker holivudski scenarist Paul Haggis, koji je napustio scijentologiju nakon dugog niza godina. 'Bio sam član crkve 34 godine. Svi su oko mene vidjeli što se događa u njoj te ne razumijem kako ja to nisam vidio', rekao je, između ostaloga.
Haggis, koji ima dvije kćerke homoseksualne orijentacije, odlučio je napustiti crkvu koja se protivi istospolnim brakovima.
