Dok su primjerice crkve Brazila i Čilea odigrale bitnu ulogu u obrani ljudi od represija nacionalnih režima, argentinska crkva nije sudjelovala u humanitarnimdjelatnostima i pomoći žrtvama. U 'prljavom ratu', kako ga se često naziva, sukobili su se vojna elita i ljevičarski gerilci, a oko 30.000 Argentinaca je 'nestalo'.

Novinar Horacio Verbitsky prenio je priču, u svojoj knjizi 'El Silencio', o tome kako je argentinska mornarica - uz suglasnost vođe jezuita Jorgea Bergoglija - pred Odborom za ljudska prava skrila političke zatvorenike režima. Bergoglio im je pružio skrovište u svojoj kući za odmor na otoku El Silencio. Već tada je novinar smatrao da je nedopustivo to da se Bergogliju dozvolilo da uđe u utrku za nasljednika pape Ivana Pavla II te da se ime pape vezuje uz lažna uhićenja i suučesništvo u ubojstvima.

Bergoglio je sam kasnije izjavio da je skrio te ljude da bi ih sačuvao od vojne hunte, a ne od Odbora za ljudska prava. Odluku crkve da javno podrži vojni režim objasnio je 'političkim pragmatizmom'.

Odvjetnica za ljudska prava Myriam Bregman pokušala je sudski goniti Bergoglija zato što je navodno 1977. predao dva svećenika jezuita argentinskim odredima smrti. Te su optužbe drugi zanijekali.

Većina sumnji usmjerena je upravo na tijesnu kolaboraciju crkve i vojnog režima. Točnije, tvrdi se da je vrh crkvene strukture morao biti upoznat sa zločinima režima. Fortunato Mallimacci, nekadašnji dekan Sveučilišta u Buenos Airesu, izjavio je da je Bergoglio svojevremeno bio 'jako popustljiv s vojnicima'.

Katolička crkva i papa Franjo optuženi su za šutnju, u najmanju ruku, za vrijeme 'prljavog rata' - ubojstava i otmica koje je provodila vladajuća vojna hunta u Argentini, ali su dokazi za te optužbe sporni i površni, piše Guardian. Dokumenti su uništeni, a u međuvremenu su umrle mnoge žrtve i počinitelji zločina.

Moralni argumenti su jasni, ali stvarne okolnosti života u tim vremenima stavljaju mnoge osobe u 'sivu zonu'. U to doba bilo je opasno javno se izjašnjavati i izložiti se riziku da vas proglase subverzivnim elementom. No mnogi, uključujući svećenike i biskupe, to su ipak učinili, nakon čega su naprosto - nestali. Oni koji su šutjeli morali su nastaviti živjeti sa svojom savješću, a ponekad i rizikom od suđenja.

Argentinska Katolička crkva javno se ispričala 2000. godine zbog propusta da se usprotivi generalima. 'Želimo priznati pred bogom sve što smo loše učinili', poručila je tada Argentinska biskupska konferencija.

U veljači, sud je u objašnjenju presude doživotne zatvorske kazne za tri bivša pripadnika vojske zbog ubojstva dvoje svećenika naveo da je crkvena hijerarhija 'zatvorila oči' pred ubojstvima progresivnih svećenika.

Kao čelnik jezuita od 1973. do 1979, Jorge Bergoglio bio je član hijerarhije u doba kada je Katolička crkva podržava vojnu huntu i pozvala njezine sljedbenike da budu patrioti.

Bergoglio je dvaput odbio svjedočiti na sudu o svojoj ulozi u vrijeme čelništva nad Jezuitskim redom. Kada se 2010. konačno pojavio pred sucem, odvjetnici su ga optužili da se izvlači.