Europski lideri odmah su se nakon aneksije Krima složili oko toga da treba raditi na smanjenju ovisnosti Europe o ruskom plinu, a talijanski ENI, jedan od ključnih partnera u projektu, počeo se dvoumiti oko svoga učešća jer bi ukrajinska kriza mogla ugroziti složen proces ishođenja dozvola.

Projekt Južnog toka na jugoistoku Europe promatran je kao blagotvorna investicija u vremenu krize koja će donijeti radna mjesta i osigurati još jedan pravac dostave plina regiji koja u potpunosti ovisi o ruskom plinu pa je sa strepnjom gledala na moguće krize u odnosima između Ukrajine i Rusije. Sada upravo jedna takva kriza prijeti urušavanjem cijelog projekta. Osim problema s ENI-jem, pojavili su se problemi i s izvođačem radova dionice Južnog toka kroz Bugarsku, koji se nalazi na američkoj crnoj listi ruskih dužnosnika koje State Department na neki način smatra odgovornima za aneksiju Krima.

Prema pisanju portala neurope.eu posao izgradnje plinovoda preko Bugarske u vrijednosti od 3,5 milijarde dolara trebao bi dobiti konzorcij Stroitrangaz. Riječ je o tvrtki u vlasništvu Genadija Timčenka, milijardera i dugogodišnjeg poznanika ruskog predsjednika Vladimira Putina.

Timčenko se našao na listi osoba kojima je SAD nakon aneksije Krima u sklopu sankcija protiv Rusije zamrznuo imovinu, zabranio ulazak u SAD i poslovanje s američkim poduzećima.
Naravno, američke sankcije ne mogu zaustaviti Timčenkove poslove u Europi, osim ako njegovo ime ne bude dodano i na europsku crnu listu ljudi iz vrha ruske vlasti i biznisa koje EU smatra odgovornima za kršenje međunarodnog prava na Krimu. Međutim, Bugarska vlada će se naći blago rečeno u neugodnoj situaciji, ako je istina da je Timčenko dobio posao, prilikom izdavanja dozvola za rad njegovim tvrtkama, jer ima određene obaveze kao članica EU-a i NATO-a. Bugarskoj je iznimno stalo do toga da projekt ne propadne, jer se radi o velikoj investiciji.

Podsjetimo da je Europska komisija prije izbijanja krize u Ukrajini zaključila da neki ugovori između Gazproma i zemalja preko kojih bi trebao prolaziti plinovod nisu u skladu s trećim energetskim paketom
Europske unije i drugim europskim propisima.

Europska komisija bila je spremna ponovno pregovarati s Moskvom kako bi se utanačili sporni detalji, ali nakon aneksije Krima koja je ohladila odnose između Rusije i Zapada, EU povjerenik za energetiku Europske komisije Günther Oettinger odlučio je suspendirati političke pregovore s Rusijom oko tog projekta. Štoviše, neki bugarski zastupnici imali su ideju da se donese zakon po kojem bio se plinovod nazvao interkonekcijom i na taj način zaobišli propisi Europske unije. Vrlo brzo stiglo im je upozorenje iz Europske komisije da ni ne pomišljaju na takav manevar. Iako iz Gazproma poručuju da od projekta neće odustati, predsjednik Putin politikom prema Ukrajini sigurno im ne pomaže.

Preko projekta Južni tok, Gazprom planira 63 milijarde kubičnih metara plina godišnje dostavljati potrošačima u Europu. Predviđeno je da s radom započne 2015. godine.